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Amplicon Deep Sequencing

Amplicon Deep Sequencing
 
 
Utilisez le séquençage profond des amplicons pour :
  • Détecter les mutations introduites ou attendues
  • Découvrir des variations génomiques rares avec une grande confiance

 

Aperçu

Considérations avant de commencer un projet de séquençage profond des amplicons :

  • Longueur du locus/amplificateur ?
  • Complexité attendue/Profondeur du séquençage ?
  • Quantités d'ADN ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage profond des amplicons :

  • Analyse taxonomique axée sur des espèces spécifiques (études sur les codes-barres du vivant)
  • Vérifications et filtrages CRISPR/Cas et TALEN
  • Détections d'occurrences d'espèces (eDNA)
  • Alternative au séquençage à haut débit du Sanger pour les séquences courtes

Applications liées au séquençage profond des amplicones :

  • 16S/ITS Métagénomique
  • CRISPR/Cas séquençage
  • Séquençage de l'ensemble de l'exome

Déroulement

 
Le graphique ci-dessous illustre un déroulement de travail typique pour un projet de séquençage profond d'amplicon. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Si vous externalisez la totalité ou une partie de votre projet de NGS à Microsynth, c'est à vous de décider.
 
 
Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application "Amplicon Deep Sequencing" (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Les résultats produits par notre module d'analyse aident à répondre à deux questions principales concernant le séquençage d'une région cible (par exemple, un gène spécifique ; l'entrée peut être des amplicons ou des PCR à longue portée).

  1. Quelles sont les variations des nucléotides individuels et les petites insertions/délétions par rapport à la séquence de référence et quels sont les effets de ces variations détectées sur le niveau de protéines ? (voir tableau 1)
  2. Quel est le degré de confiance des variations détectées et quels sont les seuils fiables pour distinguer le bruit des variations supposées ? (voir figures 1 et 2)
  3. Quelle est la conséquence d'un certain traitement par rapport à un groupe de témoins ? (analyse comparative complémentaire de déréplication) (voir figure 3)
 
 
Table 1: Ce détail d'un tableau de résultats énumère les variations détectées et leur annotation.

Figure 1: Ce graphique représente la couverture des reads d'une région cible.

Figure 2: Cette figure montre une analyse des seuils possibles pour distinguer le bruit des variations supposées.

 
Figure 3: PCA basée sur la fréquence des séquences dérepliquées par échantillon et regroupées selon deux conditions.
 

Délai d'exécution

  • Livraison des données dans les 25 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
  • 10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
  • Service express possible sur demande