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Foire aux Questions - Synthèse d'oligonucléotides

Produits et Services

Proposez-vous également la synthèse des sondes MGB ?

Oui, nous proposons des sondes MGB avec différents Dyes.
La modification (3' MGB-Q530) peut être commandée directement sur notre boutique en ligne.

Je travaille avec des oligos dégénérés et j'ai besoin d'une distribution de base inégale. Pouvez-vous synthétiser de tels oligos ?

Oui, Microsynth a une grande expérience des oligos dégénérés pour diverses applications. Nous pouvons vous proposer des oligos dégénérés avec les caractéristiques suivantes : 

Product

Applications

How to order?

Degenerated Bases (IUB Hand Mixed Synthesis Reagents)

NGS, barcoding and mutagenesis applications where equal distribution of degenerate bases is critical.   

requires a specific quote

Degenerated Bases (Custom Hand Mixed Synthesis Reagents)

Degenerated Bases (Standard IUB Wobbles)*

All other applications where equal distribution is less important or the sequence space is too big to be covered with one standard synthesis i.e. some SELEX applications

directly via webshop

*Les bases sont automatiquement mélangées par le synthétiseur.

Concevez-vous des amorces ? Si oui, quel est le prix ?

Oui, nous concevons des amorces pour nos clients (amorces PCR standard, tests qPCR et siRNA). Le prix dépend de la demande. Jusqu'à 5 conceptions d'amorces par jour et par client sont gratuites. Si la conception est spéciale ou si un nombre beaucoup plus important de conceptions d'amorces est nécessaire, nous vous ferons une offre. Nous préférons les numéros d'accès NCBI pour les modèles d'amorces, mais nous acceptons également les sequences en texte /format fasta.

 

 

Questions Relatives à la Commande

Je souhaite commander le siRNA contrôle. Comment dois-je procéder ?

Commandez par courrier électronique les siRNAs de contrôle en indiquant le type et le nombre d'aliquotes de siRNA de contrôle dont vous avez besoin (oligo.support@microsynth.ch).

Il est également possible d'ajouter des siRNAs de contrôle présynthétisés à votre commande de siRNAs personnalisés. Lors de la commande de vos siRNAs, vous pouvez spécifier le(s) nom(s) et le nombre d'aliquotes des siRNAs de contrôle requis dans le champ "commentaire spécial".

Je veux commander des oligos dans en plaques à 384 puits. Est-ce possible ?

Oui, nous pouvons livrer des oligos dans des plaques de 384 puits. Veuillez télécharger notre bon de commande en format excel sous la rubrique Téléchargement dans la boutique en ligne. Collez vos séquences dans le fichier et envoyez le fichier excel par e-mail à oligo.support@microsynth.ch. Ne pas envoyer la feuille excel directement dans la boutique en ligne. Nous reviendrons vers vous avec une offre et plus de détails sur votre commande.

Comment puis-je commander des oligos hybrides (ADN/ARN/2'-O-méthyl-ARN) ?

Remplacez les différentes bases d'ADN/ARN ou d'ARN 2'-O-méthyle de votre séquence par les modifications internes 5, 6, 7 et 8 (par exemple TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Connectez-vous à notre boutique en ligne et entrez votre séquence dans le champ de séquence. Définissez la modification dans le menu déroulant pour 5, 6, 7, 8 (soit des bases ARN/ADN ou 2'-O-Méthyl-ARN).

Je veux commander des oligonucléotides dans une plaque de 96 puits, mais j'ai besoin d'une mise en page spéciale. Comment faire ?

Vous pouvez déplacer la position des oligonucléotides dans la plaque de 96 puits en plaçant une position vide. Pour ce faire, entrez un jeu de données d'oligo avec les propriétés suivantes :

i.  Oligoname: Leerposition
ii. Échelle : Genomics
iii. La purification : Desalted
iv. Séquence : TT

Y a-t-il une quantité minimale d'oligonucléotides, que je dois commander, pour recevoir la commande d'oligo dans une plaque de 96 puits ?

La quantité minimale d'oligos pour recevoir une plaque de 96 puits est de 40 oligonucléotides.

Je veux commander des oligos de plus de 150 bases d'ADN. Comment dois-je procéder ?
Nous aimerions discuter au préalable avec vous de l'expérience/application proposée afin de vous garantir le meilleur résultat possible. Ces oligos longs ne sont pas recommandés pour les expériences de clonage direct, mais peuvent être utilisés pour l'amplification par PCR et le clonage ultérieur ou comme modèles (contrôle positif) pour les tests de qPCR.

Les oligos plus longs que 150 bases d'ADN peuvent être commandés à l'échelle de synthèse de 0,2 µmol et dessalés uniquement. Pour commander des oligos aussi longs par l'intermédiaire de notre boutique en ligne, veuillez procéder comme suit :
  • Raccourcissez votre séquence à 100nt
  • Choisissez "autres" pour une modification de 3
  • Suivez les instructions suivantes et soumettez votre commande (en raison de la modification 3' "autres", la production sera arrêtée jusqu'à ce que nous ayons reçu de vous la séquence complète)
  • Lorsque vous recevez le courriel de confirmation de commande de Microsynth, répondez à ce courriel en incluant l'ensemble des informations sur la séquence (autres = séquence d'ADN complète). N'oubliez pas d'indiquer les extrémités 5' et 3' de la séquence dans le courriel.
 
 
Je veux commander un oligo avec une modification Dye interne. Comment dois-je procéder ?
Habituellement, les modifications de fluorescence interne sont incorporées sous forme de composés dT (par exemple FAM-dT). La procédure de commande pour ce type de modifications est très simple :
 
  • Sélectionnez un nucléotide d'ADN "T" dans votre séquence et remplacez le "T" par "5".
  • Sélectionnez votre Dye (par exemple FAM-dT) dans le menu déroulant sous "Modification interne (5=...)".
  • Suivez les instructions suivantes et soumettez votre commande
 
Si vous avez besoin de modifier le Dyee interne sur un autre nucléotide, veuillez nous contacter. Vous devrez ajouter la modification en utilisant "autres" et nous informer de la modification effective.
 
 
Comment commander au mieux des oligos avec des temps de production différents ?
La livraison partielle d'oligos à partir d'une seule commande n'est pas possible. Si votre commande comprend plusieurs oligos avec des délais de livraison différents, vous recevrez tous les articles en un seul envoi dès que tous les produits seront prêts à être expédiés. Veuillez utiliser des commandes distinctes, si la rapidité de livraison est essentielle.
 
 
Microsynth offre 3 niveaux de pureté différents pour les siARN utilisés in vitro. Pouvez-vous m'indiquer quel type de purification je dois utiliser pour quel dispositif expérimental ?

Le screening initial en utilisant différents siRNAs : pour une telle application, nos clients utilisent généralement des siRNAs dessalés qui ont subi une purification Cartridge. On obtient ainsi des niveaux de pureté d'environ 80 %, ce qui est relativement suffisant pour un premier criblage.

Pour le criblage avancé ou les cultures cellulaires : si votre expérience devient plus sophistiquée et donc plus coûteuse, nous recommandons généralement de choisir la purification HPLC (~85%) ou même la purification PAGE (~95%).

 
 
Microsynth dispose-t-il de siRNA pour les expériences in vivo ?

Oui, Microsynth propose des siRNA personnalisés pour l'expérimentation animale. Les options de traitement comprennent diverses méthodes de purification HPLC, l'échange d'ions (Na+) et la filtration stérile.

 
 

 

 

Questions Techniques Générales
J'aimerais connaître la parties 5' et 3' des oligos d'ADN standard que vous fournissez. Sont-ils 5'OH ?

En standard, il y a un groupe OH aux 5' et 3' d'un oligo.

Quelle est la stabilité des oligos d'ADN/ARN et comment doivent-ils être conservés ?
Pour plus d'informations sur la manipulation, le stockage et la stabilité des oligos d'ADN, cliquez ici.

Plus d'informations sur la manipulation, le stockage et la stabilité des oligos d'ARN peuvent être trouvées ici.
 
Comment Microsynth calcule-t-elle le coefficient d'extinction molaire des oligonucléotides ?

Les coefficients d'extinction molaire des oligonucléotides sont calculés selon le "base composition model". (1-3) Ce modèle inclut l'absorption des nucléobases individuelles et les modifications potentielles des bases et/ou des Dyes. Des valeurs plus précises pour les oligonucléotides non modifiés sont obtenues à partir du "nearest-neighbor model", qui tient compte des effets d'empilement des nucléobases adjacentes. Selon nos calculs, ce modèle réduit le coefficient d'extinction à environ 90 % par rapport au modèle de composition des bases. Par conséquent, les coefficients d'extinction des oligonucléotides sont estimés selon l'équation ci-dessous.

 

  1. Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
  2. Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
  3. Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.