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Modules de Séquençage du Génome

 
 
Microsynth a développé plusieurs modules bioinformatiques dans le domaine du séquençage du génome. Ces modules sont utilisés pour nos applications à service complet, mais peuvent également être utilisés pour des projets uniquement bioinformatiques. Ces modules dits autonomes peuvent être étendus grâce à nos services complémentaires.
 

Reséquençage Microbien

 
 
Module de Feséquençage et de Typage Microbien
Les lectures séquencées sont filtrées sur le plan de la qualité et mises en correspondance avec le génome de référence. Les éventuelles petites insertions et délétions (InDels) et les variations d'un seul nucléotide (SNV) sont détectées et annotées, y compris l'effet des variations sur le niveau de protéines.

 

Modules de Services Complémentaires Appropriés

Exemples de résultats du module de reséquençage et de typage microbien.
 

Résequançage Eucaryote

 
 
Réséquançage Eucaryote
Les lectures séquencées sont filtrées sur le plan de la qualité et mises en correspondance avec le génome de référence. Les éventuelles petites insertions & délétions (petits InDels) et les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) sont détectés et annotés, y compris l'effet des variations sur le niveau des protéines. En outre, les variations de structure (SV) et les variations du nombre de copies (CNV) seront annotées.

 

Exemples de résultats du module de reséquençage eucaryote.
 

Séquençage De Novo

 
 
Module de Séquençage De Novo
L'assemblage de novo de l'ADN sera effectué avec l'assembleur et le jeu de paramètres les plus appropriés pour votre échantillon. La contamination potentielle par l'ADN bactérien/hôte sera filtrée à partir des lectures avant l'assemblage.

 

Modules de Services Complémentaires Appropriés :

Exemples de résultats du module de séquençage de novo.
 

Métagénomique Shotgun

 
 
Module de Métagénomique Shotgun
Les lectures sont alignées par rapport à une base de données de référence sur les protéines et les informations phylogénétiques, fonctionnelles et ontologiques sont annotées. Outre les résultats du séquençage au format fastq, les données alignées et enrichies sont fournies au format MEGAN, ce qui permet de poursuivre l'analyse et l'exploration des données avec l'édition communautaire open source de MEGAN, qui peut être obtenue gratuitement auprès de l'université de Tübingen.

Lien vers MEGAN6 :
 

Modules de services complémentaires appropriés :

Exemple de résultats du module de métagénomique shotgun.
 

Séquençage des Plasmides

 
 
Module de Séquençage des Plasmides
L'ADN de l'hôte (séquence de référence de l'hôte à fournir par le client) est filtré et les lectures restantes sont assemblées de novo. L'assemblage de novo de l'ADN sera effectué avec l'assembleur et le jeu de paramètres les plus appropriés pour votre échantillon.

 

Exemples de résultats du module de séquençage des plasmides.