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Métagénomique des Amplicons - 16S/ITS

Amplicon Metagenomics
 
 
Utilisez la métagénomique de l'amplicon pour :
  • Explorer la composition de la communauté taxonomique - bactéries ou champignons - de vos échantillons
  • Comparer les changements taxonomiques dans un cadre expérimental
  • Optimisez votre prochaine expérience d'échantillonnage

 

Aperçu

Considérations avant de lancer un projet de métagénomique des amplicons :

  • Quelle paire d'amorces spécifiques répond aux questions ?
  • Quelle est la longueur de l'amplicon ?
  • Quelle est la profondeur de séquençage ?
  • La quantité d'échantillons ?
  • La complexité des échantillons ?
  • Configuration expérimentale (répétitions et conditions) ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant la métagénomique des amplicons :

  • Détecter les changements de la communauté bactérienne intestinale dépendant de la nutrition
  • Étudier la diversité génétique des archaebactéries dans les environnements des cheminées hydrothermales en eaux profondes
  • Observer les changements de communauté dans un bioréacteur
  • Caractériser les spores fongiques de l'air

Applications liées à la métagénomique des amplicons :

  • Métagénomique shotgun
  • Métatranscriptomique shotgun

Déroulement

 
Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique d'un projet de métagénomique de l'amplicon. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser l'ensemble de votre projet NGS à Microsynth ou seulement une partie de celui-ci, c'est à vous de décider.
 

Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre application "16S/ITS Metagenomics Sequencing" (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

L'analyse des communautés microbiennes par séquençage d'amplicon de gènes marqueurs spécifiques tels que le gène de l'ARNr 16S procaryote ou les régions d'espacement transcrites internes (ITS) des champignons répond aux grandes questions suivantes :

  1. Quelle est la diversité de la communauté microbienne, y compris sa richesse et sa régularité (α-diversity) ? (voir figure 1)
  2. Quels sont les organismes présents dans la communauté microbienne ? (voir tableau 1)
  3. Les communautés dans les différents échantillons ou sous certaines conditions sont-elles égales ou y a-t-il des différences et quels organismes sont différentiellement abondants (β-diversity) ? (analyse comparative complémentaire) (voir figure 2 et tableau 2)
  4. Quelles sont les voies qui pourraient être déduites en utilisant le système de marqueurs 16S qui séquencent les données agrégées avec les bases de données actuelles ? (profilage fonctionnel complémentaire) (voir tableau 3)

Notre module d'analyse métagénomique 16S/ITS vous fournit les réponses à ces principales questions. De plus, l'ensemble de notre processus de métagénomique 16S/ITS a été validé, de l'extraction de l'ADN à l'analyse bioinformatique, en passant par la préparation de la bibliothèque et le séquençage. Si vous êtes intéressé par notre processus de validation, n'hésitez pas à nous contacter.

 

 

Figure 1: Mesures de la diversité alpha pour la communauté analysée, y compris la richesse observée, les indices Chao 1 représentant la richesse estimée et les indices de diversité Shannon.

Figure 2: ACP basée sur les distances UniFrac montrant des similitudes entre les échantillons. Les échantillons ont été regroupés en fonction de deux conditions.

 
Table 1: Ce détail d'un tableau de résultats énumère les abondances relatives et l'identification taxonomique des OTU observées dans les différents échantillons. Pour la classification taxonomique, des valeurs de confiance sont calculées et les UTO ne sont classées dans un rang spécifique que si leur valeur de confiance est supérieure à un certain seuil afin d'éviter les classifications douteuses et les résultats faussement positifs.
 
Table 2: Ce détail d'un tableau de résultats montre l'abondance différentielle des UTO entre deux conditions, y compris les mesures statistiques pour l'abondance différentielle (changement de pli logarithmique) et la signification (valeur p ajustée).
 
Table 3: Liste des voies d'accès possibles et leur support dans les échantillons respectifs.

Délai d'exécution

  • Livraison des données dans les 20 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
  • 5 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
  • Service express possible sur demande