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siRNA pour le Gene Silencing

 
 
Le siRNA, ou small interfering ribonucleic acid, est un type d'ARN qui intervient dans un certain nombre de processus biologiques, notamment l'interférence ARN. L'interférence ARN est un processus de régulation qui est utilisé pour contrôler et limiter l'expression de gènes spécifiques. Le siRNA actif régulateur est constitué de séquences d'ARN complémentaires, hybridées, généralement d'une longueur de 21 à 25 nucléotides et avec des overhangs symétriques de 2 nucléotides en 3'.
La synthèse chimique permet l'incorporation de nucléotides d'ADN en overhangs, ce qui rend le duplex siRNA plus stable contre la dégradation par les nucléases.
 

Caractéristiques et Avantages

 
 
Haute Qualité
  • Tous les siRNAs sont contrôlés par MALDI-TOF MS avant l'expédition
  • Fournisseur réputé de siRNA pour les principaux instituts de recherche et les entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques
Pratique
  • Prêt à l'emploi : le siRNA est produit en solution aqueuse prête à l'emploi (40 µM siRNA duplex, 10 mM NaCl, 10 mM TrisHCl, pH 7,5)
  • siRNAs modifiés sur demande (par exemple GalNAc)
  • Un outil de design de siRNA facile à utiliser sur notre boutique en ligne
 
 
Rentabilité
  • Des prix très compétitifs pour les commandes avec des volumes importants et les commandes identiques réitérées
  • Rendements garantis élevés ; rendement moyen livré généralement beaucoup plus élevé
Un Excellent Support Technique
  • Des scientifiques formés à la biologie moléculaire sont heureux de vous aider (de 8 h à 17 h)
Système Simple de Commande en Ligne
  • Une site internet facile à utiliser, une saisie rapide et d'autres outils utiles (par exemple, suivi et historique des commandes, option de recherche et de commande pratique)
 
 

Remarque : Si vous souhaitez concevoir un siRNA personnalisé, nous vous recommandons d'utiliser notre outil de conception de siRNA sur la boutique en ligne.

 

Vue d'Ensemble

 

Le siRNA, ou small interfering ribonucleic acid, est un type d'ARN qui intervient dans un certain nombre de processus biologiques, notamment l'interférence ARN. L'interférence ARN est un processus de régulation qui est utilisé pour contrôler et limiter l'expression de gènes spécifiques. Alors que la plupart des ARN sont simple brin, le siRNA est constitué de deux brins complémentaires de nucléotides d'ARN semblables à ceux de l'ADN. Habituellement, les molécules de siRNA sont des ARN double brin (dsRNA) de 21 à 25 nucléotides en duplex avec des overhangs symétriques de 2 nucléotides en 3'.
Le processus d'interférence de l'ARN et la machinerie biochimique impliquée.

 

L'ARN double brin est coupé en courts morceaux (siRNA) par l'endonucléase Dicer. Le brin antisens est pris dans le complexe RISC et relie le complexe au brin d'ARNm par appariement de bases. Le complexe RISC coupe le brin d'ARNm, et l'ARNm est ensuite dégradé.

siRNA Duplexes

 

Microsynth fournit des siRNA duplexes de longueur standard (2x21-mers) à étendue (2x27-mers) à différents niveaux de pureté et d'échelle, en fonction de l'application :

  • siRNA dessalé (à des fins de screening)
  • siRNA purifié par HPLC et PAGE (pour le screening et l'utilisation dans les cellules)
  • Études in vivo sur animaux (sur demande)

 

Caractéristiques du Produit :

Synthesis scale1
Desalted
HPLC
PAGE
OD2602
[nmol]2
OD2602
[nmol]2
[OD260] 2
[nmol]2
Genomics
on request
7
not available
not available
0.04 µmol
9
21
4
8
not available
0.2 µmol
16
35
7
16
2
5
Higher Scales
on request
Classical siRNA duplexes (2x21-mers) have unit prices; if you need longer duplexes, each additional RNA base will be priced accordingly. Modified siRNAs are available upon request.
 
1 The synthesis scale represents the initial amount of 3' bases (starting material).
2 Yields indicated represent guaranteed yields and apply to a 2x21mer; Calculation: 1 OD = ~2.5 nmol (please note that this calculation is based on sequences with virtually homogenous distribution of the 4 RNA bases)
 

siRNA Contrôles

 
Les siRNA de contrôle positif et négatif sont un complément essentiel à toute expérience de silencing des gènes. Les contrôles positifs sont des siRNAs validés connus pour atteindre des niveaux élevés (>70 %) de knockdown. Un contrôle positif doit être utilisé pour optimiser la transfection et pour reconfirmer des niveaux élevés de livraison dans chaque expérience d'RNAi.

Les témoins négatifs universels non ciblés sont des siRNA validés qui ne présentent aucune homologie avec un gène de mammifère connu. Ils sont importants pour distinguer le silencing spécifique à la séquence des effets non spécifiques dans l'expérience d'RNAi.
Une autre stratégie de contrôle négatif consiste à utiliser un siRNA falsifié qui a la même composition nucléotidique, mais pas la même séquence que le siRNA testé. Cependant, il est souvent impossible de concevoir un contrôle falsifié qui n'a pas de cible connue dans les cellules utilisées.

Vous trouverez ci-dessous une sélection de contrôles de siRNA qui ont été validés dans de nombreuses publications scientifiques.

Name Sense Strand Sequence (5’ -3’) Sense Strand 3’ Overhang (5’ – 3’) Anti-Sense Strand 3’ Overhang (5’ – 3’)
Lamin CUGGACUUCCAGAAGAACA dTdT dTdT
GFP GCAGCACGACUUCUUCAAG dTdT dTdT
Luciferase CGUACGCGGAAUACUUCGA dTdT dTdT
Non-targeting negative control AGGUAGUGUAAUCGCCUUG dTdT dTdT
Scrambled negative control On request
 
 

Comme toute cible spécifique siRNA, les siRNAs de contrôle peuvent être facilement commandés à différentes échelles de synthèse et niveaux de purification via la boutique en ligne de Microsynth.

 

Design de siRNA

 
 

Pour vous aider à concevoir le siRNA le plus adapté, ciblant le gène qui vous intéresse, Microsynth a développé un logiciel et l'a mis à disposition sur sa boutique en ligne.

L'outil de conception de siRNA de Microsynth utilise l'ensemble des recommandations fournies initialement par Boese et al [1]. Le résultat du design est constitué de différents siRNA classés selon les scores de Reynolds [2].

Les séquences de siRNA ayant les scores les plus élevés peuvent être sélectionnées et commandées directement en ligne.
Un lien vers NCBI BLAST est incorporé afin que vous puissiez gérer correctement le risque d'effets potentiels hors cible du siRNA prédit.

 

References:

[1] Boese Q, Leake D, Reynolds A, et al. Mechanistic insights aid computational short interfering RNA design. Methods Enzymol. 2005;392:73-96. doi:10.1016/S0076-6879(04)92005-8
[2] Reynolds, A., Leake, D., Boese, Q. et al. Rational siRNA design for RNA interference. Nat Biotechnol 22, 326–330 (2004). https://doi.org/10.1038/nbt936

Figure : L'outil de conception de siRNA de Microsynth
Précisez votre séquence cible et éventuellement d'autres paramètres tels que l'AA précédant la séquence de base du siRNA, le nombre de stretches de bases identiques, le taux de G/C ainsi que d'autres restrictions de séquence (par exemple les régions de séquence à prendre en compte ou non) pour recevoir votre suggestion de design (les meilleurs scores en tête de page) dans un format prêt pour la commande.

Comment Commander

 

  • Entrez dans notre boutique en ligne
  • Cliquez sur le siRNA dans le domaine bleu “DNA/RNA Synthesis”
  • Sélectionnez Normal Entry afin d'écrire ou de copier/coller les informations de séquence souhaitées, etc. ou bien sélectionnez Upload Entry en utilisant notre template Excel pratique (peut être téléchargé lors de la commande)