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Modules de Séquençage des Transcriptomes

 
 
Microsynth a développé plusieurs modules bioinformatiques dans le domaine du séquençage du transcriptome. Ces modules sont utilisés pour nos applications toutes nos applications, mais peuvent également être utilisés pour des projets uniquement bioinformatiques. Ces modules dits autonomes peuvent être étendus grâce à nos services complémentaires.

Séquençage de l'ARN

 
 
Module de Séquençage de l'ARN

L'analyse comprend la mise en correspondance des reads avec le génome de référence, la détermination de l'expression des gènes et l'analyse statistique comparative.

 
 

Modules de services complémentaires:

Exemples de résultats du module de séquençage de l'ARN.

Séquençage de Petits ARN

 
 
Module de Séquençage des Petits ARN
L'analyse des petits ARN comprend la mise en correspondance des reads avec un génome de référence, l'analyse des expressions différentielles, le regroupement des petits ARN et la recherche d'homologie par rapport aux bases de données de petits ARN connus (si disponibles), la recherche de pics, la recherche de motifs et leur annotation.
 
 

Exemples de résultats du module de séquençage de petits ARN.

Séquençage de Transcriptome de Référence

 
 
Module de Séquençage de Transcriptome de Référence
L'assemblage du transcriptome de novo est exécuté avec les paramètres les plus appropriés pour l'organisme séquencé. Les contigs résultants sont d'abord affinés puis annotés par BLAST et HMMER en interrogeant les bases de données Swissprot et Pfam. L'annotation est enrichie des références croisées telles que les GO-terms et les KEGG-ID.
 
 

Exemples de résultats du module de séquençage de transcriptome de référence.

Métatranscriptomique Shotgun

 
 
Module de Métatranscriptomique Shotgun
Les reads sont alignés par rapport à une base de données de référence sur les protéines et les informations phylogénétiques, fonctionnelles et ontologiques sont annotées. Outre les résultats du séquençage au format fastq, les données alignées et enrichies sont fournies au format MEGAN, ce qui permet de poursuivre l'analyse et l'exploration des données avec l'édition communautaire open source de MEGAN, qui peut être obtenue gratuitement auprès de l'université de Tübingen.

Lien vers MEGAN6 :

http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan6/.

 

Modules de services complémentaires appropriés :

Exemples de résultats du module de métatranscriptomique shotgun.