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Foire aux Questions - Séquence Sanger

Produits et services

Quand dois-je utiliser le Premium Run de Microsynth ?

Le Premium Run est le service de séquençage supérieur de Microsynth en tubes de 1,5 ml offrant un large éventail de services supplémentaires (par exemple, les conditions de réaction sont optimisées spécifiquement pour votre échantillon, des protocoles de traitement spéciaux pour les séquences difficiles) et des protocoles pour la résolution des problèmes (par exemple, design alternatif des amorces de séquençage, séquençage à partir d'une seule goutte en cas de faibles quantités d'ADN).

D'une manière générale, le Premium Run est conçu pour les clients qui exigent le meilleur résultat possible ainsi qu'un service de qualité supérieure.

Est-ce que Microsynth offre l'expédition de mes échantillons de séquençage ?
Microsynth et ses filiales (Microsynth Austria GmbH et Microsynth Seqlab GmbH) exploitent trois laboratoires de séquençage différents à Balgach (Suisse), Vienne (Autriche) et Göttingen (Allemagne). Au cours des dernières années, un réseau croissant de points de collecte d'échantillons gratuits a été installé dans ces trois pays.
Veuillez-vous connecter à notre boutique en ligne pour trouver une boîte de dépôt d'échantillons à proximité de chez vous.
Si vous ne disposez pas d'une boîte de dépôt dans votre région, nous avons des enveloppes prépayées que nous pouvons vous fournir dans de nombreux pays. Veuillez nous contacter si vous avez besoin de plus d'informations.
Combien de temps conservez-vous mes échantillons d'ADN et mes amorces ?
  • Échantillons Economy Run : 4 jours ouvrables
  • Échantillons Premium Run : 3 mois
  • Échantillons en plaques Economy Run: 1 mois
  • Vos amorces de séquençage spécifiques seront conservées dans notre laboratoire de séquençage pendant au moins 6 mois (ou pendant 12 mois si vous les avez ajoutées à votre "liste d'amorces personnalisées").





Puis-je récupérer mes amorces spécifiques après le séquençage ?

Sur demande, Microsynth vous renverra votre ou vos amorces de séquençage spécifiques à votre adresse ou à toute autre adresse.

Est-il possible de récupérer le(s) plasmide(s) isolé(s) après le séquençage ?
Oui. Nous vous renverrons les plasmides isolés (~0,5-1,0 ug dans du Tris-HCl pH 8,5 ou lyophilisé). La manutention et l'expédition sont payantes.
Pour nos services en plaques, vous pouvez choisir l'option "Send plasmids back" dans le formulaire de commande.
Pour notre Premium Run, cela peut être fait sur demande.
 
Quels amorces de séquençage offrez-vous / ajoutez-vous gratuitement ?

Cliquez ici pour ouvrir notre liste d'amorces standards contenant les amorces que vous pouvez choisir.
Remarque : la boutique en ligne de Microsynth vous permet de gérer une liste d'amorces personnalisée. Si vous utilisez fréquemment des amorces de séquençage plus spécifiques, il vous suffit de les envoyer à Microsynth et de mettre à jour votre liste d'amorces personnalisée. Comme Microsynth exploite une installation de production d'oligo reconnue, vous pouvez également sous-traiter la conception et/ou la synthèse de vos amorces de séquençage.

Je prépare une plaque de 96 puits. Est-il possible de faire deux ou plusieurs réactions de séquençage de chaque échantillon dans la plaque ?

Oui, il est possible d'envoyer des échantillons dans une plaque de 96 puits et de demander des réactions multiples (avec deux ou plusieurs amorces) pour chaque échantillon.

Première option : échantillon identique provenant de la même position de puit avec plus d'une amorce. Vous envoyez 12 ul de l'échantillon pour la première réaction plus 3 ul de l'échantillon pour chaque réaction supplémentaire.


Vous spécifiez les réactions de séquençage de la plaque que vous allez envoyer physiquement (= plaque principale) en indiquant la ou les premières amorces. Sous "Review Order" vous pouvez copier le modèle de l'échantillon de la plaque principale (utilisez le bouton "Copy"). Sachez simplement que pour notre Economy Run prépayé, vous avez besoin d'une autre étiquette de code à barres prépayée. Alors que le numéro de l'étiquette est entré dans le système, l'étiquette doit être attachée à la plaque principale. Théoriquement, il est possible de répéter cette étape plusieurs fois (pour d'autres amorces).

Attention :
Si la plaque-principale n'est pas entièrement remplie, nous vous recommandons de passer à notre programme Economy Run non prépayé et de suivre le même schéma de commande (exception : utiliser le même nom de plaque-principale).


Deuxième option : échantillon identique avec différentes positions de puits avec plus d'une amorce

Si vous utilisez l'Economy Run et que vous souhaitez que nous séquencions la moitié des échantillons avec l'amorce Forward et l'autre moitié des échantillons avec l'amorce Reverse, vous devez fournir les échantillons dans deux puits séparés, par exemple A01-H06 avec l'amorce forward et A06-H12 avec l'amorce reverse.

 

 

Questions Relatives à la Commande

Comment dois-je préparer et emballer mes échantillons ?

Selon le type de service choisi, vos échantillons doivent répondre à différentes exigences. Pour les services suivants, Microsynth fournit des guides d'utilisation contenant de nombreuses informations utiles :

Economy Run
• Premium Run

Veuillez cliquer sur le nom du service ci-dessus pour ouvrir le guide de l'utilisateur correspondant ; ou allez dans la zone "Sample Requirements" où vous trouverez également des informations utiles sur les recommandations échantillon etc.

Comment puis-je revoir mes commandes précédentes ?
  • Entrez dans notre boutique en ligne
  • Cliquez sur Option&Preferences dans la zone de séquençage de l'ADN
  • Cliquez sur Historique des commandes - Revoir/supprimer les commandes précédentes

 

Microsynth répète gratuitement les réactions de séquençage qui ne fonctionnent pas pour son service de séquençage standard dans des tubes de 1,5 ml (Economy Run). Comment cela fonctionne-t-il ?

En général, les réactions de séquençage qui ne fonctionnent pas sont automatiquement répétées selon le mode suivant : lors d'une première tentative, un échantillon est répété afin d'évaluer le potentiel d'amélioration en modifiant la chimie de la réaction de séquençage. Si la répétition donne un meilleur résultat de séquençage, d'autres échantillons de votre commande seront également reséquencés. En outre, il est toujours possible de demander des répétitions spécifiques de réactions ayant échouées (il est préférable de le faire par téléphone ou par courrier électronique). Sachez que nous ne conservons les échantillons Economy Run que pendant 4 jours ouvrables.

 

 

Questions Techniques Générales
Quelles sont les exigences essentielles pour le séquençage des amorces ?

Allez dans la zone "Sequencing Primers" où vous trouverez de nombreuses informations utiles sur le séquençage des amorces.

Comment puis-je ouvrir les fichiers ab1 ?

Microsynth fournit les résultats du séquençage en format texte (fichiers FASTA) et en format chromatogramme (fichiers ab1). Pour ouvrir les fichiers ab1, vous devez télécharger l'un des outils logiciels qui sont fournis dans la zone Logiciels et liens.

Puis-je séquencer de petites parties du génome de la souris, de l'homme ou de tout autre animal directement avec le séquençage Sanger ?

Le séquençage direct par l'approche Sanger est possible pour les génomes < 1Mb. Toutefois, lorsque cela est possible, nous vous recommandons d'amplifier la région d'intérêt par PCR et de nous envoyer le(s) produit(s) de la PCR pour le séquençage.

Qu'est-ce qui est important pour le séquençage des produits PCR ?

Afin d'obtenir des résultats de séquençage fiables, il faut éliminer les impuretés telles que les dNTP, les amorces PCR, etc. En outre, il est important de quantifier le produit PCR purifié. Ceci est réalisable facilement en effectuant une électrophorèse sur gel d'agarose de votre produit PCR et en comparant la bande de votre produit PCR avec des bandes standard de concentrations définies. Nous ne recommandons pas les approches de quantification basées sur les techniques d'analyse spectrophotométrique UV. Pour un séquençage réussi, les produits PCR doivent être à bande unique sur le gel d'agarose. Si ce n'est pas le cas, vous devez récupérer la bande correcte par extraction du gel. En utilisant le Premium Run, nous pouvons le faire pour vous.

Pendant combien de temps est ce que je peux télécharger les résultats du séquençage Sanger depuis le boutique en ligne ?

Les résultats du séquençage Sanger sont conservés au moins 3 mois dans la boutique en ligne.