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Analyse de Polymorphisme de la Longueur des Fragments

 
 
Un ensemble de services pour l'analyse de la longueur de fragments, y compris l'analyse des données. Que votre application soit un simple service de routine ou un projet R&D plus complexe, Microsynth peut vous aider.
 

Caractéristiques et Avantages

 

Haute qualité

  • Une fiabilité reconnue grâce à plus de 20 ans d'expérience et au traitement de milliers d'échantillons
  • Équipement (ABI 3730XL) et logiciel (GeneMarker) de pointe
  • Les laboratoires sont accrédités ISO/IEC 17025:2017 (STS 0429)

 

Rapide
  • Délais d'exécution de 2 jours ouvrables pour les services standard
 
 
 

 

Pratique

  • Design et synthèse d'amorces PCR de haute qualité marquées par fluorescence pour des stratégies simplex ou multiplex via notre production interne d'oligonucléotides
  • Traitement, analyse et interprétation des données
     

Support Technique

  • Des spécialistes sont disponibles pour la gestion de projets et l'analyse et résolution des problèmes
  • Expérience avec des échantillons difficiles à analyser et assistance complète pour l'interprétation des données
 
 

Services

 
Microsynth propose les 3 types de services suivants :
 
 
Analyse de polymorphisme de la longueur des fragments standard
Ce service exige que le client effectue la réaction PCR et soumette une aliquote de produits PCR dilués et étiquetés. Microsynth ajoutera la size standard et effectuera une séparation précise des fragments par électrophorèse capillaire sur un système ABI 3730 XL. Les données brutes résultantes sont fournies sous forme de fichiers FSA sur la boutique en ligne de Microsynth.
L'analyse des données avec le logiciel GeneMarker est disponible moyennant un léger supplément. Le rapport sur la longueur des fragments comprend les informations suivantes (voir aussi l'exemple de résultat plus loin) :
  • Allèle calling (détermination du nom de l'allèle et de la taille des pb sous forme de fichier EXCEL)
  • Exportations JPEG allèles calling
  • Informations supplémentaires telles que la hauteur, la surface, le rapport et l'intensité des signaux (rapports personnalisés sur demande)
Délai d'exécution : 2 à 6 jours ouvrables après l'arrivée de l'échantillon

La tarification : Forfait pour 1-24 échantillons, 25-48 échantillons et pour 49-96 échantillons.
 

Analyse de polymorphisme de la longueur des fragments prêts à être chargés
Ce service exige que le client effectue la réaction PCR et soumette une aliquote des produits PCR étiquetés avec la size standard /HiDi formamide. Microsynth effectuera une séparation précise des fragments par électrophorèse capillaire sur un système ABI 3730 XL. Les données brutes résultantes sont fournies sous forme de fichiers FSA sur la boutique en ligne de Microsynth.
L'analyse des données avec le logiciel GeneMarker est disponible moyennant un léger supplément. Le rapport sur la longueur des fragments comprend les informations suivantes (voir aussi l'exemple de résultat plus loin) :

  • Allèle Calling (détermination du nom de l'allèle et de la taille des pb sous forme de fichier EXCEL)
  • Exportations JPEG d'allèles Calling
  • Informations supplémentaires telles que la hauteur, la surface, le rapport et l'intensité des signaux (rapports personnalisés sur demande)

Délai d'exécution : 2 à 6 jours ouvrables après l'arrivée de l'échantillon

La tarification : Forfait pour 1-24 échantillons, 25-48 échantillons et pour 49-96 échantillons.


Analyse personnalisée de la longueur des fragments
Un service personnalisé est disponible, allant de l'isolement de l'ADN à l'optimisation de la PCR, en passant par l'analyse des fragments et du rapport d'analyse. Chaque projet étant différent, veuillez prendre contact avec un spécialiste de Microsynth pour discuter de votre projet. Avant de nous contacter, veuillez-vous poser les questions suivantes :

  • L'extraction de l'ADN/ARN doit-elle être externalisée ? Si oui, avec quel type d'organisme, de tissu ou source travaillez-vous ?
  • Nombre d'échantillons prévu (analyse unique, analyse répétée) ?
  • Livraison des échantillons (quantité, qualité et conteneur) ?
  • Analyse établie ? Analyse unique ou multiplex ?
  • Nombre de contrôles à inclure ?
  • Type de données nécessaires (données brutes, données analysées, rapport) ?
  • Échantillons d'essai disponibles ? En particulier dans le cas de projets plus importants, nous préférons effectuer des tests initiaux afin de faire une bonne offre.

 

Exemples de résultats (Copie)

Figure 1. Extrait de résultat Excel avec la détermination du nom de l'allèle et la taille pb.


Figure 2. Exportation JPEG de l'allèle Calling (fichiers FSA).


Applications

 

Les applications qui peuvent être couvertes par l'analyse de la longueur des fragments sont les suivantes :

 

Analyse des Microsatellites (STR) :Short tandem repeats (STRs), également appelées microsatellites, sont des loci d'ADN polymorphes présents dans tout le génome, constitués de séquences de nucléotides répétées (jusqu'à 6 bases ou plus). Dans une analyse STR typique, les loci de microsatellites sont amplifiés par PCR en utilisant des amorces sens marquées par un fluorophore et des amorces antisens non marquées. La séparation se fait par électrophorèse sur gel capillaire. Les principales applications sont les suivantes :
 
  • Authentification des lignées cellulaires
  • Génotypage humain, animal et végétal
  • Linkage mapping
  • Sélection d'animaux/plantes
  • Sous-typage des agents pathogènes
  • Diversité génétique
  • Instabilité des microsatellites
  • Perte d'hétérozygotie (LOH Loss of heterozygosity)
  • Répétition de séquence inter-simple (ISSR Inter‐simple sequence repeat)
  • Analyse des variantes multilocus (MLVA Multilocus Variant Analysis)
  • Test de paternité
  • Génétique des populations
 
 
Empreintes Génétiques: Amplified fragment-length polymorphism (AFLP) est une méthode d'investigation d'empreinte génétique qui utilise la digestion de l'ADN par des enzymes de restriction, suivie de l'amplification sélective d'un sous-ensemble de fragments et de la séparation par électrophorèse sur gel capillaire. Les principales applications sont les suivantes :
 
  • Typage du génome microbien
  • Typage du génome animal ou végétal
  • Création de cartes génétiques pour de nouvelles espèces
  • Diversité génétique et études de phylogénie moléculaire
  • Création de groupes liés génétiquement (linkage group) entre les croisements
 
 
Génotypage SNP: Les SNP (polymorphismes d'un seul nucléotide, single nucleotide polymorphisms) ou mutations ponctuelles sont les variations génétiques les plus courantes déterminant en grande partie la diversité phénotypique entre les individus. Les SNP se produisent environ une fois toutes les 100 à 300 bases et peuvent être détectés par différentes techniques telles que RFLP, SSCP, le séquençage, ou dans le cas d'analyse de la longueur des fragments par:
 
  • L'analyse du multiplexage du SNaPshot

 
 
Quantification de la Fluorescence Relative: Les applications de la fluorescence relative comparent la hauteur ou la surface des pics entre deux échantillons. Les techniques courantes comprennent notamment la PCR par fluorescence qualitative (QF) et l'amplification multiplex de sondes liaison-dépendantes (MLPA Multiplex Ligation‐dependent Probe Amplification). Les principales applications sont les suivantes :
 
  • LOH, Loss of heterozygosity, dans les échantillons de tumeurs
  • Variation du nombre de copie (CNV Copy Number Variation)
  • Détection de l'aneuploïdie
 
 
Remplacement de l'Électrophorèse Manuelle sur Gel: L'électrophorèse sur gel reste la procédure de laboratoire standard pour séparer l'ADN par taille (par exemple, longueur en paires de bases) pour la visualisation et la purification. Ainsi, vous pouvez déterminer la longueur approximative d'un fragment d'ADN en le faisant migrer sur un gel d'agarose avec un étalon. Cependant, il y a aussi des limites. Tout d'abord, il n'existe pas de méthode permettant de calculer avec précision la taille des fragments, même avec une échelle de taille. Deuxièmement, le multiplexage n'est pas possible lorsque les tailles des produits issus de plusieurs paires d'amorces (marqueurs) sont similaires. Enfin, les gels d'agarose n'ont pas la capacité de résolution que l'électrophorèse capillaire possède (la capacité de résolution de l'analyse capillaire des fragments est de 1 paire de base).
C'est pourquoi un nombre croissant de scientifiques ont remplacé l'approche manuelle par l'analyse automatique des fragments. Des fournisseurs de services tels que Microsynth offrent des services d'analyse de fragments rapides et fiables à des coûts abordables. Deux à trois jours ouvrables plus tard, les données traitées (taille des fragments, intensité du signal) sont renvoyées au client sous forme électronique (prête à être publiée).
 
 

Standard Marker Dyes

 
Microsynth propose les filtres suivants :
Dye Set Name Matrix Type Blue Green Yellow Red Orange
Powerplex_4C 4 dye FAM JOE TAMRA CXR  
Powerplex_4C-RCT 4 dye FAM JOE TAMRA CXR  
DS-30_D 4 dye 6-FAM HEX NED ROX  
DS-30_D-RCT 4 dye 6-FAM HEX NED ROX  
DS-02_E5 5 dye dR110 dR6G dTAMRA dROX LIZ
DS-02_E5-RCT 5 dye dR110 dR6G dTAMRA dROX LIZ
DS-33_G5 5 dye 6-FAM VIC NED PET LIZ
DS-33_G5-RCT 5 dye 6-FAM VIC NED PET LIZ
Mic-G5 5 dye FAM ATTO532 ATTO550 ATTO565 Dyomics630
Mic-G5-RCT 5 dye FAM ATTO532 ATTO550 ATTO565 Dyomics630
RCT : ce set de couleurs réduit l'intensité du signal et la diaphonie potentielle des capillaires. Des pics de concentration plus élevés peuvent être utilisés sans se dérégler.
 
 
Si vous choisissez un service prêt à l'emploi, on peut en principe ajouter n'importe quelle size standard. Microsynth doit savoir quelle size standard le client utilise pour le calibrage des fragments d'ADN dans la gamme de 20 à 600 nucléotides ou pour des fragments plus grands.

Microsynth peut synthétiser des amorces directement marquées avec les fluorophores mentionnés ci-dessus, à l'exception des fluorophores protégés par des brevets VIC, NED, PET et LIZ. Cependant, des fluorophores alternatifs rentables et de performance égale sont disponibles.
 
 

Comment Commander

 
  • Préparez vos échantillons selon nos exigences en matière d'échantillons.
  • Remplissez le formulaire de commande sur notre boutique en ligne.
  • Imprimez le bon de commande et mettez-le avec les échantillons dans un sac ou une enveloppe en plastique. Déposez les échantillons dans la prochaine boîte de collecte Microsynth. Pour trouver le point de collecte le plus proche, veuillez vous connecter à notre boutique en ligne et cliquer sur "Options & Préférences" sous "Séquençage de l'ADN" et trouver des détails sous "Points de collecte". S'il n'y a pas de boîte de collecte à proximité, envoyez vos échantillons à Microsynth à Balgach, en Suisse. Voir ici pour les options d'expédition.
  • Pour obtenir des informations sur nos prix, veuillez vous connecter à notre boutique en ligne et télécharger notre liste de prix actuelle. Les nouveaux clients bénéficieront d'une réduction de lancement de 50 % pour leur première commande.
  • Si vous souhaitez que nous fassions l'analyse des données et le reporting avec le logiciel GeneMaker, nous avons besoin de quelques informations supplémentaires. Veuillez télécharger le formulaire excel sur le côté droit et télécharger le formulaire rempli ensemble lors de votre commande sur la boutique en ligne.