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Exigences Concernant les Échantillons

 
 
Recommandations pour les Tampons
ADN : tampon Tris-HCl 10 mM (pH 7,5 - 8,5)
ARN : tampon Tris-HCl 10 mM (pH 7,0)
Important : Veuillez éviter tout tampon contenant de l'EDTA pour Nextera XT et toutes les bibliothèques d'amplicon ou les produits de PCR !
 
Quantification de l'ADN/ARN
Il est recommandé de quantifier l'ADN/ARN par une méthode fluorométrique, par exemple PicoGreen®, RiboGreen®, Qubit®, etc.
 
Quantité d' Échantillons Requis pour le Séquençage des Illumina
Type of Library Amount (µg) Concentration (ng/µl)
DNA for Nextera XT library >0.2 >10
DNA for TruSeq library >0.5 >10
RNA for RNASeq library (poly(A) enriched) >1 >20
RNA for RNASeq library (ribo depletion) >3 >20
DNA for amplicon preparation (e.g. 16s rDNA or ITS analysis) >0.1 >05
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >05
Ready-to-sequence amplicon library pool * >0.2 >10
ChIP-Seq libraries (req. ChIP DNA) >0.05 >05
miRNA/small RNA (req. total RNA) >1 >20
low input RNA (req. total RNA) >0.001 >0.1
 
*)  pour les échantillons individuels à regrouper > 50 ng > 5 ng/µl par échantillon
 

Veuillez envoyer des échantillons d'ADN/ARN en plaques pour plus de 24 échantillons, veuillez envoyer des échantillons d'ADN/ARN en plaques, sinon nous devons facturer des frais supplémentaires. Si vous prévoyez de fournir des librairies indexées, veuillez vous assurer d'utiliser des combinaisons d'index compatibles avec Illumina dès le début de votre projet.

Annotation des échantillons : Veuillez utiliser des noms courts et uniques sans caractères spéciaux. Si une analyse bioinformatique est souhaitée, nous utiliserons les noms tels qu'ils figurent dans les tableaux et figures fournis.

Quantité d'Échantillons Requis pour le Séquençage PacBio
Type of Library Amount (µg) Concentration (ng/µl)
DNA Library >10 >300
 

Avec un rapport OD260/OD280 de 1,8 à 2,0. L'ADN à haut poids moléculaire et les échantillons purs sont essentiels pour la préparation de la bibliothèque et une bonne qualité des données.

Par conséquent:

  • Évitez les cycles multiples de gel-dégel.
  • Evitez l'exposition à des températures élevées.
  • N'utilisez pas de d'agents intercalants de l'ADN tels que le bromure d'éthidium et/ou la lumière UV   car ils peuvent provoquer des dommages à l'ADN.
  • Evitez les agents insolubles.
  • Évitez une contamination à l'ARN.
  • Évitez les agents dénaturants (par exemple, sels de guanidinium ou phénol) ou des détergents (par exemple, SDS ou Triton-X100).
  • Évitez l'incubation en milieu complexe ou riche.
  • Prélevez au début ou au milieu de la phase logarithmique, à partir de plusieurs cultures plutôt que d'une seule.
 
Contrôle de la Qualité de l'ADN
Microsynth effectue sur chaque échantillon reçu un contrôle de qualité complet avant de procéder à d'autres étapes de séquençage. Toutefois, nous vous recommandons de vérifier également votre échantillon d'ADN sur un gel ou avec un bioanalyseur. Si vous le faites, veuillez nous fournir également la photo du gel ou le fichier associé.
 
Stockage des Échantillons et des Données chez Microsynth
Les données, les échantillons et les librairies seront stockés chez Microsynth pendant 3 mois.