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Functional Groups (for DNA)

 
Functional Groups
Position
 
5’
3’
int
Alkyne
 
X
 
Amino / Amino-dT
X
X
X
Azide / Azide-dT
X
X
X
DBCO / DBCO-dT
X
 
X
Hexynyl
X
 
 
Phosphate
X
X
 
Phosphorothioate (PTO)
 
 
X
Thiol
X
X
 

 

Alkyne

3'-Alkyne
 

The alkyne group is used for copper assisted cycloaddition click chemistry.

 
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
3'  
X
X
O  
X
X
X = available/on stock
O = on request
 

Amino / Amino-dT

A primary amino group can be used to attach a variety of modifiers (such as fluorescent dyes) to an oligonucleotide or used to attach an oligonucleotide to a solid surface. Amino modifiers can be positioned at the 5’-end with either a standard (C6) or longer (C12) spacer arm. Amino modifications can be positioned at the 3’-end. Internal amino modifications can be introduced using an amino-dT base.

 
Functional Group
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
Amino C6
5’
X X X X X X X
3’
X X X X X X X
Amino C6-dT
Int
 
X X O
 
X X
X = available/on stock
O = on request
 

Azide / Azide-dT

Microsynth's Azide modification uses an NHS Ester functional group to attach an azide moiety at the 5', 3' or any internal position in an oligo. This azide moiety may subsequently be used to attach alkyne modified groups through the click reaction. The internal version of this modification is attached to the oligo through a dT base. Incorporation of the internal version will add a dT nucleotide at that position. To avoid adding an extra nucleotide, replace an existing T nucleotide in your sequence with the required modification.

 
Functional Group
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
Azide
5’
  X X O   X X
3’
  X X O   X X
Azide-dT
Int
 
X X O   X X
X = available/on stock
O = on request
 

DBCO / DBCO-dT

DBCO est un modificateur à base de cyclooctyne pour les réacctions click avec le cuivre.

 
Functional Group
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
DBCO
5’
  X X O   X  
3’
             
DBCO-dT
Int
 
X X O   X  
X = available/on stock
O = on request
 

Hexynyl

Hexynyl
 

Le groupe Hexynyl 5' est utilisé pour la cycloaddition assistée par le cuivre. Les oligonucléotides préparés à l'aide de phosphoramidite de 5'-hexynyl sont stables dans des conditions de dé-protection standard et présentent un temps de rétention légèrement accru sur la RP HPLC.

 
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
5'  
X
X
O  
X
X
X = available/on stock
O = on request
 

Phosphate

Phosphate
 

La phosphorylation en 5' est nécessaire si un oligo est utilisé comme substrat pour l'ADN ligase. La phosphorylation 3' inhibe la dégradation par certaines exonucléases 3' et peut être utilisée pour bloquer l'élongation par les polymérases de l'ADN.

 
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
5' X
X
X
X X
X
X
3' X
X
X
O X
X
X
X = available/on stock
O = on request
 

Phosphorothioate (PTO)

PTO
 

La liaison phosphorothioate (PTO) remplace un atome de soufre par un oxygène non pontant dans le squelette phosphate d'un oligo. Cette modification rend la liaison inter-nucléotidique résistante à la dégradation par les nucléases. Des liaisons phosphorothioate peuvent être introduites entre les 3-5 derniers nucléotides à l'extrémité 5' ou 3' de l'oligo pour inhiber la dégradation par les exonucléases. L'inclusion de liaisons phosphorothioate dans l'ensemble de l'oligo contribuera également à réduire l'attaque par les endonucléases.

 
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
Int X
X
X
X X
X
X
X = available/on stock
O = on request
 

Thiol

 
 
Fonctionnalisation des oligos pour le couplage à de petites molécules, peptides ou surfaces. (5' C6-Thiol, 3' C3-Thiol).
 
Position
Synthesis Scale [µmol]
Purification
 
0.04
0.2
1.0
15
Des
HPLC
PAGE
5'  
X
X
X  
X
X
3'  
X
X
O  
X
X
X = available/on stock
O = on request