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Séquençage des Transcriptomes de Référence

Reference Transcriptome Sequencing
 
 
Utilisez le séquençage de transcriptome de référence pour :
  • Effectuer une analyse différentielle de l'expression des gènes lorsqu'il n'y a pas de génome de référence
  • Découvrir l'expression différentielle des gènes là où personne n'a jamais regardé   auparavant

Aperçu

Considérations avant de commencer un projet de séquençage de transcriptome de référence :

  • Existe-t-il un génome de référence "proche" ?
  • Séquençage profond ou normalisation de l'ADNc ?
  • But de l'étude par rapport aux limites d'un transcriptome de référence ?
  • Objectifs à court terme et objectifs à long terme ?
  • Configuration initiale (états d'expression) ?
  • Configuration fonctionnelle (réplicats et conditions) ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Example projects using reference transcriptome sequencing:

  • Functional expression study on an organism with vague taxonomy
  • Breeding studies and selection
  • Gene expression for interesting/selected phenotypes

Applications related to reference transcriptome sequencing:

  • RNA sequencing
  • small RNA sequencing

Déroulement

 
Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique d'un projet de transcriptome de référence. Veuillez noter que nos processus hautement modulaires vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Si vous externalisez l'ensemble de votre projet d'ENG à Microsynth ou seulement une partie de celui-ci, c'est à vous de décider.
 
 
Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note de référence sur le séquençage des transcriptomes (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

 
Notre module d'analyse fournit des informations de novo sur des transcriptomes précédemment inconnus. Les résultats fournis comprennent un aperçu général du transcriptome, des séquences de transcriptions et de leur annotation détaillée.
  1. Informations sur le contenu du GC et la répartition par taille des transcriptions assemblées. (voir figure 1)
  2. Informations sur les séquences de transcription exactes. (voir tableau 1)
  3. Annotation des séquences de transcription et liens vers les informations disponibles dans les bases de données publiques. (voir tableau 2)

 

Figure 1: Histogramme des tailles de transcipt et de leur contenu GC.

 

Table 1: Ce détail d'un tableau de résultats énumère deux transcriptions exemplaires.

 

Table 2: Détail d'un tableau de résultats énumérant les parties de l'annotation pour les deux transcriptions exemplaires.

Délai d'exécution

  • Livraison des données dans les 30 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (comprend la préparation et le séquençage de la bibliothèque)
  • 10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
  • Service express possible sur demande